Predvojna lekarna se je nahajala v stari stavbi bolnišnice. Delo so prvotno opravljale redovnice, kasneje priučen kader, nato pa farmacevtski tehnik. Leta 1951 je vodstvo lekarne prevzel diplomiran farmacevt. Leta 1991 se je lekarna preselila v nove, moderno urejene prostore v zgradbi otroškega oddelka, kjer je poleg preskrbe z zdravili in ostalim zdravstvenim materialom potekala tudi obsežna izdelava galenskih izdelkov. Za bolnišnico je bila še posebej pomembna proizvodnja infuzijskih in drugih sterilnih raztopin. Zaradi prenove stavbe je lekarna od julija 2012 do januarja 2017 delovala na več začasnih lokacijah. Ponovno se je preselila v prenovljene prostore v času od januarja do maja 2017. Velika pridobitev sedanje lekarne so sodobno opremljeni prostori za pripravo protitumornih zdravil in drugih zdravil po aseptičnem postopku.
